由于免疫抑制剂有较多的不良反应，且常应用．如何预防和及时发现不良反应，显得十分重要。在应石药挈期间加强监测是及时发现不良反应不可忽视的措施。如在应用嘌呤类药物时，药物制造商推荐在极初8周内母周行全血细胞计数，接下来是至少3个月行拿血细胞计数，没有证据提示这样做是有效的。目前临床上均为开始使用及达到稳定剂量前，每2周检杏全血细胞计数，以后，每3个月检查。此外，应定期检查肝相关性的化学指标。提醒患者如果出现咽喉痛或其他感染征象，及时告知医师才是极重要的；服用甲氨蝶呤时，也应常规进行实验室指标监测，建议治疗前和治疗后的4周内，必须作全血细胞计数和肝功能检查．以后每月检查。患者需在专家随访下服药；如应用环孢索，在治前，用药1周和2周时监测血压、全血细胞计数、肝肾功能试验，如有条件还应监测血药浓度(厘保持在100～200ng／ml)，以后以上项目每月。治疗前检查总胆固醇和镁的浓度。

极近慢性乙型肝炎临床指南中指出，当病人接受因肿瘤化疗、免疫抑制剂(包括糖皮质激素、肿瘤单克隆抗体)治疗者，如同时患有慢性乙型肝炎，应在应用上述药物前1周开始服用核苷类药物加以保护。故建议在炎症性肠病拟用免疫抑制剂前，应加作乙肝病毒指标(一般称2对半)，排除慢乙肝的可能。