本病主要是抗生素及其他治疗用药不当引起的肠道免疫功能障碍，临床表现以严重腹泻或慢性腹泻为主。

本病关键在于预防，主要是合理应用抗生素。对年老体弱、慢性消耗性疾病患者，在使用抗生素或激素时，要严格掌握适应证，极好做药敏试验以选择抗生素种类。对体质虚弱者可服维生素C或B族维生素并配合使用乳酸菌素制剂。治疗该病的关键是调整菌群。首先是调节肠中的酸碱性，因其会影响菌种的消长，好氧菌与大肠杆菌所分泌的酵素，会将胆酸分解成二级胆酸，而诱导大肠病变的发生；若摄入太多的蛋白质时，除了被消化成氨基酸吸收外，少量未被吸收的蛋白质也会被有害菌种(如魏氏梭茵)利用，制造出氨、硫化氢等恶臭的毒素。所以肉食性的动物肠道多呈碱性，魏氏梭菌较多。粪便也较臭。

当有益菌多时，肠道则呈弱酸性。这时乳酸菌、比福多菌等厌氧菌会分解糖类及纤维，产生短链脂肪酸而降低肠道的pH值，抑制好氧菌。它们也会合成B族维生素及维生素K，对酵素的分泌及免疫力的产生有一些助益。

有益菌群对人体有下列益处：促进肠胃蠕动，预防便秘减少毒素被身体吸收，降低大肠、直肠病变的发生率；改善腹泻、下痢等消化不良现象，具有健胃整肠的效果；抑制致病菌的活性和致病变物质在肠内的产生；促进B族维生素、维生素E、维生素K、叶酸的合成；可水解消化乳糖，改善乳糖不耐受症；提高营养吸收力及疾病免疫力；能有效地使热量的代谢旺盛，进而分解体内多余的脂肪。所以，含有益菌的活菌制剂为主的菌群调整方法，补充肠道大量有益菌群，

可使部分腹泻病人得到缓解或治好。此外，乳酸杆菌在肠内处于优势菌种后，消化系统便不会随意发出饥饿信号给大脑，从而使饮食正常，食量适中，肥胖现象亦可改善，并可减轻各器官之负荷，达到瘦身美容、强身健体之功效。

微生态制剂双歧杆菌等肠道正常菌群的活菌制剂，通过改善、调节肠道内的茵群失调，达到拮抗、抑制病菌的作用。常用的药物有：丽珠肠乐、整肠生、聚直、思联康等。